Historien om Nynäshamns IF börjar vintern 1917 då bröderna Axel och Harry Grimstedt kallar till ett möte i Folkets hus den 4 februari för att undersöka möjligheten att bilda en idrottsförening. Ett 25-tal idrottsintresserade ungdomar samlades på mötet och föreningen Nynäshamns IF bildas. Redan från början fanns fotboll, friidrott och skidåkning med på programmet, fotboll och skidor finns fortfarande kvar i alliansen, och föreningen färger valdes till svart och vitt där fotbollen skulle spela i vita skjortor, svarta shorts och svarta strumpor. Eftersom det inte fanns någon idrottsplats i Nynäshamn på den här tiden höll de fotbollsintressearde till på Elektricitetsängen vid Hamnvik eller Hammarhagen. Den första matchen föreningen spelade var mot Ösmo IF i Ösmo sommaren 1917 och som Nynäshamns IF vann med 10-1. 

1919 tillkom den första plats som kan liknas vid en idrottsplats när Sandplan gjordes iordning. Sandplan låg ungefär där Willys idag ligger. Det gjorde att föreningen vågade bjuda in lag från andra orter till matcher och fotbollen växte kraftigt. Föreningen blev medlemmar i  Södermanlands fotbollsförbund och kunde därmed börja spela tävlingsmatcher i DM.

1923 bytte föreningen från Södermanlands fotbollsförbund till Stockholms fotbollsförbund och när den nya idrottsplatsen vid Nicksta stod färdig 1924 beslöt föreningen att anmäla A-laget till seriespel för första gången 1926. Laget spelade sig snabbt upp i seriesystemet och 1939 säkrade laget avancemang till den näst högsta serien, division 2. Året innan dess 1938 hade den nya idrottsplatsen Idrottsparken invigts vilket förbättrat föreningens möjligheter avsevärt. Laget gjorde två säsonger i divison 2 innan de åter ramlade ner till division 3. Fram till i slutet av 70-talet var det sedan division 3 eller division 4 spel som gällde för föreningen innan de snabbt åkte ned till division 6. 1975 började Kvarnängen att användas som hemmaplan.1982 tillkom dam/flickfotboll på programmet då Lövhagens FC gick upp i Nynäshamns IF. Damerna har hållit sig i division 3, 4 eller division 5 sedan dess.

Två raka seriesegrar 1986 och 1987 förde herrarna tillbaka till division 4 där de höll sig i 22 säsonger fram 2009 då de ramlade ur serien igen och nu har går in på sin tredje säsong i division 5.

Nynäshamns IF hade sin storhetsperiod från början av 30-talet tills i mitten av 40-talet. De två säsongerna i division 2, 1939-40 och 1940-41, kryddas av tre DM finaler och en Lilla DM final under den perioden. Samtliga DM finaler förlorades, 1932 mot Sundbybergs IK, 1933 mot AIK och 1945 återigen mot AIK. Lilla DM finalen 1932 förlorades även den mot södermalmsklubben Eriksdals IF.

Genom åren har fem fotbollsplaner utbyttjats för fotbollsspel. Elektricitetsfältet 1917-1918, Sandplan 1919-1924, Nickstavallen 1924-1937, Idrottsparken 1938-1974 och Kvarnängens IP från 1975. De två första planerna Elektricitetsfältet och Sandplan användes aldrig för tävlingsmatcher vilket de övriga tre har gjort. Publikrekrdet för föreningen är 2800 åskådare och det sattes på Idrottsparken den 3 juli 1938 då Hallstahammar gästade Nynäshamn.

Genom åren har föreningen haft en rad olika matchställ. Från början var föreningens färger vit och svart och fotbollslaget spelade i vita skjortor, svarta byxor och svarta strumpor. 1919 bytte föreningen färger till blått och vitt men när laget skulle köpa in sina första riktiga fotbollströjor fanns det inga blå i sportaffären i Stockholm. Därför fick det bli röda tröjor istället och fotbollssektionen spelade därför i röda tröjor, vita shorts och svarta strupor fram till 1937. Från 1937 fram till tidigt 60-tal spelade laget i blå tröjor med vita ärmar, vita shorts och blå strumpor. Från tidigt 60-tal fram till slutet av 80-talet spelade laget i blå tröjor, vita shorts och blå strumpor. Därefter var färgerna helblått fram till 2005 då laget återigen började spela i blå trjöjor med vita ärmar, vita shorts och blå strumpor.

Hela 21 allsvenska spelare har föreningen fostrat, 20 män och 1 kvinna. Fem av dessa spelare också fått dra på sig landslagets dress och de spelarna är Valter Lundgren 7 landskamper Leif Skiöld 4 landskamper, Dan Sahlin 3 landskamper, Gösta Nilsson 2 landskamper och Lennart karlsson 1 landskamp.